Năm học 1995 - 1996 để phù hợp với nhiệm vụ chung của đất nước trong thời kỳ đổi mới - ngành giáo dục đã chia tách trường PTCS thành trường tiểu học và trường THCS nhằm đạo tạo học sinh theo đúng yêu cầu phù hợp với nhiệm vụ xây dựng bảo vệ tổ quốc giàu mạnh. Khối học sinh cấp II Vĩnh Phong lúc đó có 7 lớp với 307 học sinh, do quy mô của trường quá nhỏ nên Sở giáo dục Hải Phòng đã cho phương án sát nhập 2 trường có quy mô nhỏ gần nhau tạo thành trường THCS có quy mô lớn hơn. Khối cấp II Vĩnh Phong được sát nhập với cấp II Tiền Phong thành trường THCS Tiền Phong, song vẫn học tại 4 phòng học của trường tiểu học Vĩnh Phong. Cơn bão số 7 năm 1996 đã làm đổ 1 phòng học, 3 phòng học tốc hết ngói, cơ sở vật chất gần như không có gì ngoài 36 bộ bàn ghế học sinh cũ nát. Được sự nhất trí của Đảng bộ và chính quyền địa phương cho phép huy động sức dân cùng với ngân sách nhà nước tu sửa lại trường. Hội cha mẹ học sinh của trường được thành lập huy động mỗi học sinh từ lớp 1 đến lớp 9 đóng góp 20.000^đ/ em /năm để sửa chữa trường. Hội đã cử người đi tận vào Thái Bình mua ngói, mua cây về sửa lại trường trong hè năm đó và đến 5/9/1996 tiếng trống khai trường đã vang lên báo hiệu một năm học mới đạt kết qủa tốt: Năm học vô vàn khó khăn đó song với sự quyết tâm của tập thể giáo viên và học sinh đã phấn đấu, có 1 học sinh đạt giải nhì toán cấp thành phố, 9 em đoạt giải văn hóa cấp huyện, 98% học sinh tốt nghiệp THCS, 91% em thi tuyển vào lớp 10 hệ công lập. Sau 3 năm liên kết với trường THCS Tiền Phong vì chỉ là một phân hiệu do đó phần đầu tư tài chính của ngân sách nhà nước để xây dựng trường là không có gì. Việc chỉ đạo chuyên môn của các trường cũng rất khó khăn. Đến năm học 1998 - 1999 trường lại tách ra thành trường THCS riêng biệt có tên là trường THCS Vĩnh Phong. Đ/c Vũ Thị Nhị được bổ nhiệm làm hiệu trưởng, đồng chí Ngô Công Văn được bổ nhiệm làm hiệu phó, vói 12 đồng chí giáo viên. Từ năm học đó đến nay trường luôn có 8 lớp với số học sinh tối đa là 352 và tối thiểu là 221 em. Những ngày đầu tách trường chưa có trường học riêng biệt mà 3 năm phải nhờ tại 4 phòng học cấp 4 của trường tiểu học Vĩnh Phong, bàn ghế học sinh cũ nát không có phòng chức năng, phòng chứa các thiết bị dạy học. Nhưng được sự quan tâm của Đảng bộ và chính quyền cùng nhân dân địa phương và đặc biệt là sự gương mẫu của tập thể Đảng viên trong chi bộ tập thể giáo viên đã cộng đồng trách nhiệm xây dựng trường. Các đồng chí Đảng viên trong chi bộ đã sát cánh bên nhau cùng hội đồng giáo viên đẩy mạnh phong trào thi đua “dạy tốt - học tốt”. Trong 3 năm liên tiếp đó trường đã phấn đấu đạt danh hiệu trường tiên tiến cấp huyện: Với 100% học sinh thi đỗ tốt nghiệp, trên 85% học sinh thi vào lớp 10 công lập. Học sinh giỏi cấp trường luôn duy trì từ 50 – 60 em, số học sinh giỏi cấp huyện tăng từ 6 đến 12 em và đã có học sinh đoạt giải thành phố môn toán: em Vũ Thị Lê và em Nguyễn Anh Văn…: Do chất lượng giáo dục toàn diện và đặc biệt và chất lượng văn hóa đại trà của trường luôn được giữ vững và ngày càng phát triển tốt nên trường đã góp phần vào việc nâng cao trình độ dân trí ở địa phương, chính vì thế mà xã nhà đã được công nhận phổ cập THCS từ năm 2001 với hai tiêu chí huy động và hiệu quả rất cao được UBND thành phố tặng bằng khen, 3 đồng chí được công nhận là chiến sĩ thi đua, 11 đồng chí giáo viên được công nhận lao động tiên tiến xuất sắc. Từ năm 2000 được sự đầu tư về ngân sách cộng với sự đóng góp của nhân dân địa phương. Đảng bộ và chính quyền địa phương đã quyết tâm xây dựng trường THCS Vĩnh Phong ra khu đất mới với diện tích 3554 m². Sau gần 2 năm xây dựng ngôi trường mới với 8 phòng học khang trang đã được cắt băng khánh thành vào ngày 3/9/2001 đúng dịp khai giảng năm học mới 2001 - 2002. Bắt đầu ngày hôm đó trường THCS Vĩnh Phong mới có nơi định cư ổn định tạo đà phấn khởi cho tập thể giáo viên và học sinh công tác và học tập tốt - chúng ta không thể quên được những ngày hè năm đó dưới cái nắng oi bức 38⁰-39⁰ nhưng không thể ngăn được sự quyết tâm lao động của tập thể hội cha mẹ học sinh, chở đất, chở gạch vỡ đến để tôn cao sân trường mà đài truyền hình Hải Phòng đã về làm một chương trình phóng sự. Truyền thống hiếu học đã ăn sâu vào trong mỗi con người của xã Vĩnh Phong, dù cha mẹ còn nghèo đói, túng thiếu song vẫn dành những phần ưu tiên nhất cho con em mình. Hàng nghìn xe đất và gạch vỡ đã được cha mẹ học sinh chở đến tôn cao sân trường; hàng ngàn công lao động của hội cha mẹ học sinh và các thầy giáo và đoàn thể trong xã đã tôn tạo nên khu trường THCS Vĩnh Phong bề thế. Ngày cắt băng khánh thành ngôi trường THCS chúng ta đã nhận được những tấm lòng vàng của hội cựu học sinh các khóa đóng góp xây dựng trường. Khóa học sinh 1974 – 1977 ban đại diện là em Vũ Trọng Nhân, Phạm Xuân An đã làm tặng 30m² sân bê tông trị giá 3 triệu đồng - Khóa học sinh 1979 - 1982 ban đại diện là em Lưu Xuân Dũng, em Bùi Trung Tuyến làm tặng một cây cột cờ trị giá hơn 1 triệu đồng – Khóa học sinh năm học 1982 - 1985 ban đại diện là em Ngô Văn Đại, Nguyễn Đức Thuận làm tặng một bảng tin trị giá 1 triệu đồng,  Khóa học sinh 1984 – 1986 ban đại diện là em Nguyễn Thị Hoa, Nguyễn Văn Vương tặng 6 khẩu hiệu trị giá; 500.000^đ : 2 học sinh; Ngô Văn Bàu - Ngô Xuân Báu ở viện nghiên cứu thủy sản Đồ Sơn 6 khẩu hiệu trị giá 500.000^đ : Khoá học sinh 1976 – 1979 ban đại diện là em Bùi Ánh Dương tặng 1 cây cảnh trị giá 300 000đ.  Khoá học sinh 1996 – 2000 ban đại diện là em Phạm Thành Luân tặng 2 cây xanh trị giá 300 000 ^đ. Em Phạm Đức Thịnh cựu học sinh tặng 1 gương phẳng trị giá 400 000 ^đ . Từ năm học đó đến nay các khóa học sinh hết cấp II khi ra trường đều mua 2 ghế đá tặng lại trường. Dưới ánh sáng của nghị quyết TW2 (khóa VIII)  về giáo dục và đào tạo, khoa học và công nghệ, được sự quan tâm của các cấp lãnh đạo từ thành phố đến huyện, sự nỗ lực của Đảng bộ chính quyền và nhân dân địa phương - cơ sở vật chất của nhà trường ngày càng được đầu tư tiến tới hiện đại hóa: Như con ong cần cù tích lũy hàng năm, hiện nay trường đã xây dựng xong tường bao, sân chơi, cải tạo sân thể dục, 4 phòng bàn ghế chuẩn, thiết bị dạy học dần được trang bị hiện đại. Giai đoạn 10 năm từ khi tái lập trường (1998 đến nay) đã phấn đấu nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện gần 1000 học sinh đã tốt nghiệp cấp THCS vào học THPT đạt 95% - xã đã được công nhận đạt hai tiêu chí của phổ cập  THPT và nghề: Huy động đạt 97% và tiêu chí hiệu quả đạt 87%. Chất lượng văn hóa đại trà luôn được duy trì ở tốp cao của các trường trong huyện - Học sinh chăm ngoan, phong trào văn nghệ, thể dục và các hoạt động đoàn đội luôn được phát triển tốt - Học sinh giỏi cấp huyện trong 10 năm qua có 215 em đoạt giải, học sinh giỏi thành phố có 20 em đạt giải tiêu biểu như em Nguyễn Anh Văn, em Phạm Quang Khải, em Phạm Quang Định, em Nguyễn Hồng Khánh, em Nguyễn Thúy Việt, em Vũ Văn Khôi 2 huy chương vàng môn chạy.

Với những cố gắng của thầy và trò cha mẹ học sinh trường đã được tặng nhiều phần thưởng xứng đáng :

- 10 năm liền chi bộ trường được công nhận là tổ chức cơ sở Đảng trong sạch vững mạnh.

- 10 năm liền được công nhận là tập thể tiên tiến trong đó 6 năm liền là tập thể tiên tiến xuất sắc (2000-2006), hai lần được UBND thành phố tặng bằng khen.

          - Nhiều thầy giáo cô giáo được công nhận là giáo viên giỏi, chiến sĩ thi đua cấp thành phố như: cô Nhị, cô Dương, cô Hiền, cô Xuyên, 14 thầy cô giáo được tặng huy chương “Vì sự nghiệp giáo dục”. Đồng chí hiệu trưởng được bộ giáo dục đào tạo tặng bằng khen, được UBND huyện tặng danh hiệu Nguyễn Bỉnh Khiêm năm 2006.